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陳時中強調，「非必要，盡量減少我們這樣的一個活動，真的是，沒有必要，不要到疫區，我們這邊安全的很，不要一頭的往疫區鑽，反而增加自己的風險。」

陸委會指出，此為第2次因應防疫需要，暫停小三通客船往來；依據「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」第32條規定，試辦期間，如有危害國家利益、安全之虞或其他重大事由時，得由行政院以命令終止一部或全部之實施，92年因應SARS疫情蔓延，政府即曾暫時關閉金馬小三通客船往來。

陳時中強調，必須先仔細盤整台灣的醫療及檢疫能量，並引述行政院長蘇貞昌的四點指示，第一弱勢優先、第二防疫優先，第三確定名單、第四量力而為。他說：「要量力而為，我們當然很想救出大家，可是總是不能把自己的船弄沉了，那也就救不了人。」

蔡英文期盼，防疫人員在承擔任務之餘能夠有足夠的休息，畢竟防疫工作是持續性的，必須照顧好自己才能照顧國人。她直呼，「對台灣防疫系統有信心」。

指揮中心6日晚間召開記者會說明武漢肺炎最新疫情狀況。

若有特殊事故、確實急須來台，應出具香港、澳門政府發出之「入出境證明紀錄」，證明14天內無中國旅遊史，再以臨櫃書面方式提出來台申請。港澳居民明日起入境「全部、一律」須依照疫情指揮中心「具感染風險民眾追蹤管理機制」，進行居家檢疫14日。

指揮中心下午2點舉行記者會，除了宣布我國新增兩名個案外，也對回應外界對郵輪上的個案疑慮。

指揮官陳時中指出，中國疫情持續升高，近來相關區域也不斷做出移動管制，從中國病例數快速增長，顯現「整個中國都已淪為疫區」。指揮中心因此決定，凡有中港澳旅行史的旅客，回台一律做居家檢疫14天。

終於回家。首批247名滯留武漢台人在（3）日晚間抵台，歷經超過3小時檢疫後，依照健康情況陸續安置隔離與送醫。

3日深夜11:40武漢台商包機返台，陳時中4日凌晨00:10抵達桃機並穿全身防護衣在場坐鎮，3:50奔往台中檢疫所確保人員入住情形，早上8:30又出現在疾管署（CDC）召開記者會，當天忙到晚上8:00舉行第3場記者會，「完全沒有休息。」

對於沮喪落淚，陳時中嘆了口氣，用顫抖的聲音表示：「很抱歉，情緒管控沒有做好」。目前該名確診台商已經退燒，而針對昨天同班機來台的台商，他則表示，同班機回來的人都有透過鼻咽試紙檢查病毒，有結果會跟大家報告。

陳時中表示，「關於今天媒體有些關心我們口罩的量，我們大概有四千五百萬的量，四千五百萬的量是我們的庫存量，有接近兩百萬在地方政府，有八百萬在我們的醫療機構，不管是超商、電商、藥商、藥妝，大概超商裡面釋出最多大概是兩千萬…」