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「為了社區安全，這是不得不做的痛苦決定。」陳時中指出，清零計畫將讓華航陸續停飛14天，因為華航可能被不同病毒侵犯，才以此方式與社區區隔。

台北市長柯文哲批評指揮中心「防疫破口是不見棺材不掉淚」，還認為現行疫調方式有「時間差」等問題。指揮官陳時中今被問及此事回應，時間差免不了，會盡量把時間差縮到最短。

指揮中心指出，為因應本次防疫旅宿員工確診事件，指揮中心將進行防疫旅宿總體檢，請地方政府於5月17日前完成轄內各防疫旅宿之查核作業，針對查核後須改善之防疫旅宿，將加強輔導並安排複查，以維護社區防疫安全。

指揮官陳時中說，目前除了1位確診外，還有3名員工發燒送醫，「內部可能存在傳播鏈，環境可能已污染」，不過陳時中也強調，「還是覺得從境外進來的可能性比較高」。

李秉穎補充，美國疾管署與許多國際文獻均指出，距離個案發病日達10天後，幾乎已無傳染力，因此居家檢疫滿14天後再篩檢的效益恐不大。