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蘇貞昌裁示，接下來包機必須以弱勢優先，包括慢性病有用需求者、臨時出差、年長年幼等；第二，檢疫要優先，發現此次有確診病例蒙混上機，「我方對確診者回國內當然會提供一流的醫術，但其他機上人員安全也非常重要，強烈要求進行登機前檢驗。」

陳明通說，第二批會以短期出差、年紀較小以及慢性疾病者優先，要把完整名單提供給我方後，飛機才能起飛回台。不過，陳也強調，檢疫所有一定的容量，在不影響防疫前題的工作，指揮官、全國上下都在做好防疫工作，所以要做好準備後才能進來，這部分要對國人負責，若防疫沒做好很難有下一步。

3日深夜11:40武漢台商包機返台，陳時中4日凌晨00:10抵達桃機並穿全身防護衣在場坐鎮，3:50奔往台中檢疫所確保人員入住情形，早上8:30又出現在疾管署（CDC）召開記者會，當天忙到晚上8:00舉行第3場記者會，「完全沒有休息。」

對於沮喪落淚，陳時中嘆了口氣，用顫抖的聲音表示：「很抱歉，情緒管控沒有做好」。目前該名確診台商已經退燒，而針對昨天同班機來台的台商，他則表示，同班機回來的人都有透過鼻咽試紙檢查病毒，有結果會跟大家報告。

陳時中表示，「關於今天媒體有些關心我們口罩的量，我們大概有四千五百萬的量，四千五百萬的量是我們的庫存量，有接近兩百萬在地方政府，有八百萬在我們的醫療機構，不管是超商、電商、藥商、藥妝，大概超商裡面釋出最多大概是兩千萬…」

「當然我們在第一個時間聽到都很沮喪，不過這也是我們帶他們回來的重要原因，就是避免有一些病人留在武漢，在比較不好的醫療環境裡面，很有可能會喪失了寶貴的性命。」，到此處，陳時中突然沉默數秒，轉由執行官周志浩發話。

徐正文則指出，第二批人員目前都還再通知，並要大家於今日到武漢報到，還是預定明日班機返台，目前尚未收到變化的情形，可能中間有些溝通部分，所以陸委會才說返台時間還不確定。

關注《放言》報導葉毓蘭「內褲說」新聞的網友，一針見血指出：葉毓蘭的比喻非常不得體，沒有疫情，根本不須天天戴口罩；「內褲是衛生需求要隨時穿著，如果葉覺得妳內褲只要穿兩天就可以的話也沒關係，這是妳的自由，我們不在意！」

根據英國《每日郵報》刊登的影片顯示，這位自稱「方斌」的居民先拍到一輛小巴士，發現車內有著8個屍袋，並向一位站在門口的人詢問，「這就昨天的事吧？」，對方「嗯」的一聲稱是，方斌驚呼「這死人就這麼多啊？」。

王育敏建議，政府應該考量到部分民眾有特殊的需求，開放「特殊管道」，必須有彈性機制，例如讓村里有彈性的數量，對於需要頻繁出入醫院者，可以憑著處方箋購買口罩；此外，倘若上班族沒有口罩存量，但因工作上需要而苦無口罩，政府也應搭配彈性措施，讓「急用者」能拿到口罩，才能解決口罩亂象。

許多中國網友表達不滿，「1月3号就通知了美國嗎？」、「外交部實事求是點吧别瞎宣傳了」

牙醫出身的陳時中，2017年2月8日在蔡英文總統任命下擔任衛福部長，是衛福部成立以來任期最長的部長。