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國內截至目前累計544例確診，分別為452例境外移入病例、55例本土病例、36例敦睦艦隊及1例不明。確診個案中7人死亡、495人解除隔離、42人住院隔離中。

指揮官陳時中說明，4名個案入境迄今均無疑似症狀，9月30日入境後即由校方分別安排至國內4家防疫旅館居家檢疫，10月15日檢疫期滿由衛生單位安排就醫採檢，並於今日確診（4名個案Ct值介於27至36，血清抗體檢驗中）。

莊人祥表示，衛生單位已掌握個案接觸者共10人，其中9人為專車乘客，列為居家隔離對象，1人為專車司機，列為自主健康管理對象。

陳時中說明其中1人分別於10月12日、13日進行核酸檢驗，結果均為陰性並已解除隔離，1人於10月13日採檢結果為陰性。

指揮中心統計，國內截至目前有530例確診，分別為438例境外移入、55例本土病例、36例敦睦艦隊及1例不明。

談及該案的採檢結果變化，莊人祥表示，有可能是入境後轉陽性，也可能當初採檢是偽陰性。

鑒於日前菲律賓檢出多名自我國入境之陽性個案，為釐清該國檢驗陽性率偏高之真實性，經外交部取得馬尼拉經濟文化辦事處通知，9月間自我國返回菲律賓並檢出陽性之22名外籍移工，經該國研判確診後，依規定進行14天集中檢疫，並於檢疫結束前進行第二次採檢，全數結果皆為陰性。

指揮官陳時中回應，客觀來說，歐洲這段時間是（確診數）起來比較快，也多一點，美國的話之前有下降，現在又稍微往上一些，起起伏伏，並沒有惡化得很厲害。

個案9月18日自菲律賓返台，入境迄今無不適症狀，機場採檢結果為陰性，個案因擔心自身健康，於10月3日檢疫期滿離開檢疫所後，前往醫院自費採檢，因檢出弱陽性(Ct值33)於今日確診，目前住院隔離中。

中央流行疫情指揮中心今(2)日公布國內新增2例境外移入COVID-19(武漢肺炎)病例，為30多歲男性(案516)及40多歲男性(案517)，均為本國籍，分別自美國及日本入境。

18名菲律賓籍個案中，有11例於今年9月11日搭乘同班機返回菲律賓，該班機共78人自我國出境，含9月16日已公布2名個案，該班機累計13名檢驗陽性個案，陽性率達16.7%，異常偏高；另有4例為9月10日同班機返菲旅客。