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2016年5月20日蔡英文就任總統後就任命李仲威擔任海巡署署長，他是第一位出身軍方，而且是海軍的署長，過去的署長都是出身警界。李仲威曾任海軍副司令，官拜中將。由此可見，蔡英文已經開始著手將海巡署轉變為「第二海軍」。