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COVID-19疫情嚴峻，政府為提升全民防護力及兒童保護力，全台已陸續開設兒童疫苗門診或前進學校駐點施打。

陳時中表示，各界普遍認為接種武漢肺炎疫苗是「利大於弊的」，可是隨著台灣疫情趨緩，青少年重症死亡率低，「這確實是一個嚴肅的課題」，因此指揮中心會「非常謹慎」。

在第二劑疫苗接種時程方面，陳時中表示，會在一定的時間範圍內，根據到貨量來做安排。

莊人祥在指揮中心記者會上說明，起初盼所有疫苗能在2周內接種，但BNT後續提供出現延遲，因此現在校園還缺30萬劑，一但疫苗有提供就會立刻配送，但中間還需7天的封緘檢驗，恐無法在10月8日就接種，不過之後若有疫苗，會優先給校園。

羅一鈞說明，青少年接種BNT疫苗後引發的心肌炎、心包膜炎，並非像外界認為的那麼嚴重，但還是影響主要器官的病症，指揮中心會持續關注是否高於背景值以及嚴重程度。

據美國資料顯示，心肌炎多發生在30歲以下男性，尤其又以12至17歲的族群最高。李秉穎強調，打完疫苗後一週內要特別注意，若有胸痛、呼吸急促、心臟亂跳、心悸等徵兆，有可能就是心肌炎，應盡速就醫檢查，不過觀察期仍要到一個月，請家長們要多多注意。