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台北市長柯文哲批評指揮中心「防疫破口是不見棺材不掉淚」，還認為現行疫調方式有「時間差」等問題。指揮官陳時中今被問及此事回應，時間差免不了，會盡量把時間差縮到最短。

因華航諾富特飯店爆發飯店傳播，指揮中心請隔離中機師移往集中檢疫所隔離，卻被抱怨又髒又遠，陳時中表示，集中檢疫所不是旅遊的地方，沒有辦法跟觀光旅館比較，盼機師能體諒。

指揮中心指出，為因應本次防疫旅宿員工確診事件，指揮中心將進行防疫旅宿總體檢，請地方政府於5月17日前完成轄內各防疫旅宿之查核作業，針對查核後須改善之防疫旅宿，將加強輔導並安排複查，以維護社區防疫安全。

針對是否為飯店傳播？陳時中表示，還要檢測基因序列，讓情形更清楚，但這確實是飯店群聚，已經有4個案例了。